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BiodiversityR - complemento del R commander para calculos de diversidad

Calculo de indices de diversidad en R


Complemento


Este complemento agrega un nuevo menu al R Commander con el que se pueden hacer en forma grafica varios analisis vinculados a la biodiversidad.

R Commander


biodiversityr


analisis de diversidad
1. Para instalarlo primero tienen que abrir el R (no el R commander, porque si lo abren, no les va a dejar iniciar el complemento de diversidad) y despues poner:

install.packages("BiodiversityR", dependencies=T)

Calculo de indices de diversidad en R
2. Una vez instalado, para cargar el paquete tienen que poner:

library("BiodiversityR")

Complemento
3. Para que inicie el R Commander con el nuevo menu:

BiodiversityRGUI()

R Commander
4. Si quieren que cargue este complemento cada vez que se inicia el R, hay que editar el archivo Rprofile.site (en Linux esta en /etc/R) para que quede asi:
.First-library(BiodiversityR)
BiodiversityRGUI()


biodiversityr
5. El uso es bastante similar al de cualquier base de datos que carguen en el R pero tiene algunas salvedades. Supongamos que se tiene una base de datos de abundancia de distinta especies en dos zonas, pasando los datos al Excel, o al Calc de Libreoffcie deberia quedar algo asi:

analisis de diversidad


Despues hay que importar los datos en el R (si no saben, se explica ).
Si todo sale bien, al visualizar los datos (una vez cargados en el R) se deberia ver algo asi:

Calculo de indices de diversidad en R


El paso siguiente consiste en definirla como una matriz de datos de una comunidad. Para eso, primero ingresan este codigo:
comu-Datos[,2:ncol(Datos)]

Complemento
Obviamente donde dice Datos tienen que poner el nombre con el que los importaron desde Excel o Calc.Lo que hace la formula es crear un nuevo objeto llamado comu que tiene todas las filas y desde la segunda a la ultima columna de Datos.

En el paso siguiente eligen del menu BiodiversityR - Community matriz - Select community data set...

R Commander


En el cuadro de dialogo que se abra hay que elegir el objeto que acaban de crear (comu). Esto es asi, porque para hacer el analisis solo reconoce la matriz de datos de las especies, sin datos adicionales, como en este ejemplo seria la columna llamada Zona.
Para confirmar que la base de datos se importo correctamente, pueden elegir del menu BiodiversityR - Community matriz - Check data sets. Si no hay ningun error o ninguna variable mal ingresada, no deberia aparecer ninguna notificacion nueva en la ventana de notificaciones de R Commander (la de abajo del todo). Si tienen dudas de si aparecio algo o no, repiten el paso y listo.
Para calcular la diversidad, riqueza, abundancia total o equitabilidad en cada muestra, hay que ir al menu BiodiversityR - Analysis of diversity - Diversity indices... para que se abra una ventana como la siguiente:

biodiversityr


En esa ventana eligen lo que quieren calcular en el recuadro Diversity index (richness para el numero de especies, abundance para el total de individuos, Shannon para el indice de diversidad de Shannon y Jevenness para un indice de equitatividad), en Calculation method eligen separate per site para que calcule un indice por muestra y tildan la opcion save results para que agregue a su base de datos una columna con los datos del indice que calcularon. Por ultimo presionan OK. Si quieren agregar otro indice a la base de datos, basta con elegir el que quieran del recuadro Diversity index y vuelven a presionar OK. Una vez que hayan calculado todos los indices que quieran, presionan Cancel.
Si solo calcularon la riqueza, al visualizar los datos deberia salir algo asi:

analisis de diversidad


Ahora solo queda hacer los test correspondientes para cada una de las variables creadas y sus respectivos graficos.

Calculo de indices de diversidad en R


Pagina oficial del R
Informacion del R commander
Iniciar una funcion automaticamente
Manual del paquete vegan
Manual del paquete BiodiversityR




   
 
 
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